総合地球環境学研究所の地下1階には18の実験室があり、プロジェクト研究に共同利用されています。実験室には、安定同位体をはじめとする共通機器やプロジェクトで設置した機器の他、国内外の様々な研究試料が保管されています。研究推進戦略センターとプロジェクトが協同して、維持管理と施設充実が図られています。